Flow-seq-метод: особенности и применение в изучении бактериальной трансляции

Flow-seq-метод: особенности и применение в изучении бактериальной трансляции Review

Journal

Acta Naturae
ISSN: 2075-8251

Output data

Year: 2022, Volume: 14, Number: 4 (55), Pages: 20-37 Pages count : 18 DOI: 10.32607/actanaturae.11820

Tags

Flow-seq, NGS, высокопроизводительное секвенирование, проточная цитометрия, трансляция, бактерии.

Authors

Комарова Е.С. ¹ , Донцова О.А. ^2,3,4,5 , Пышный Д.В. ⁶ , Кабилов М.Р. ⁶ , Сергиев П.В. ^1,2,3,4

Affiliations

1	Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова, Институт функциональной геномики, Москва, 119234 Россия
2	Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова
3	АВТОНОМНАЯ НЕКОММЕРЧЕСКАЯ ОБРАЗОВАТЕЛЬНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ВЫСШЕГО ОБРАЗОВАНИЯ "СКОЛКОВСКИЙ ИНСТИТУТ НАУКИ И ТЕХНОЛОГИЙ"
4	Московский государственный университет
5	Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова
6	Институт химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН

Метод Flow-seq основан на использовании библиотек репортерных конструкций, где определенный элемент, регулирующий экспрессию генов флуоресцентных репортерных белков, представлен во многих тысячах вариантов. Библиотеки репортерных конструкций внедряют в клетки, сортируют по уровню флуоресценции, а затем проводят их высокопроизводительное секвенирование. Таким образом, появляется возможность в одном эксперименте на десятках и сотнях тысяч репортерных конструкций выявлять закономерности, определяющие эффективность экспрессии. Этот метод нашел активное применение в оценке эффективности биосинтеза белка множеством вариантов мРНК одновременно. Однако этим возможности метода Flow-seq не исчерпываются. В представленном обзоре проведен сравнительный анализ метода Flow-seq и других методов, используемых для оценки эффективности трансляции мРНК, а также рассмотрены особенности применения и результаты, получаемые с помощью Flow-seq

Комарова Е.С. , Донцова О.А. , Пышный Д.В. , Кабилов М.Р. , Сергиев П.В.
Flow-seq-метод: особенности и применение в изучении бактериальной трансляции
Acta Naturae. 2022. Т.14. №4 (55). С.20-37. DOI: 10.32607/actanaturae.11820 РИНЦ OpenAlex

Submitted:	Oct 4, 2022
Accepted:	Nov 11, 2022

Elibrary:	50122051
OpenAlex:	W4317566933

DB	Citing
OpenAlex	1